La beata Eugénie continuò a studiare a Le-Puy-en-Velay. All’inizio dell’anno scolastico 1889, la Signora Joubert iscrisse la figlia Eugénie alla scuola Sainte-Marie du Puy, gestita dalle suore di Notre-Dame. La figlia vi rimase in collegio per tre anni. Aveva 17 anni quando lasciò Sainte-Marie.

Le Puy fu anche il luogo in cui iniziò la sua vita religiosa: la nascente Comunità della Sacra Famiglia del Sacro Cuore viveva al “Colombier”, vicino al palazzo vescovile e alla cattedrale, in un vecchio edificio, e durante l’estate, vicino a Le Puy, in una casa chiamata “La Darne”, messa a disposizione della Comunità.